Okres końca lat 90 XX wieku, to kryzys w piłkarstwie seniorskim w Elblągu. W 1992 roku zmieniono nazwę klubu Olimpia na Polonia Elbląg. Klub grał w klasie okręgowej. W 2002 roku drużyna pod władzą grającego trenera Adama Fedoruka awansowała do trzeciej ligi. Odniosła także sukcesy w Pucharze Polski, awansując po zwycięstwie z Arką Gdynia do 1/16 finału. Juniorzy Polonii od początku gry w lidze województwa warmińsko-mazurskiego zawsze byli W czołówce.
W 2003 roku zwyciężyli w lidze, ale przegrali pierwsze spotkanie eliminacyjne mistrzostw Polski Z SMS UKS Łódź. W 2004 roku Polonia ponownie wygrała ligę juniorów starszych województwa warmińsko-mazurskiego. Pokonała olsztyńskie zespoły Naki i Tempo 25 oraz Zatokę Braniewo. Relacje z walki o najwyższe miejsca w Mistrzostwach Polski juniorów obszernie przekazywała Gazeta Olsztyńska.
Rywalem zespołu Polonii w walce o dalszy awans w Mistrzostwach Polski juniorów był zespół Gryfa Wejherowo. Wygrał on ligę województwa pomorskiego, gdzie pokonał Lechię Gdańsk i Arkę Gdynia. Pierwsze spotkanie w Wejherowie zakończyło się wysokim zwycięstwem drużyny trenera Adama Borosa 4:0 – dwa gole strzelił Sambor oraz po golu Górak i Boros.
Rewanżowe spotkanie w Elblągu zakończyło się także zwycięstwem Polonii Elbląg 1:0 – bramka samobójcza.
W pierwszej rundzie na szczeblu centralnym Górnik Łęczna mistrz województwa lubelskiego pokonał Pogoń Siedlce 4:0 w Łęcznej oraz przegrał 0:1 w Siedlcach. Pierwsze spotkanie z Górnikiem Łęczna, rozegrane w Elblągu, zakończyło się bardzo pechowo. Długo utrzymywał się remis 1:1, ale w ostatniej minucie zespół z Łęcznej zdobył bramkę na 2:1. Dla Polonii gola strzelił Miller.
W rewanżu, w Łęcznej Górnik pokonał Polonię 4:0.
Mistrzem Polski juniorów starszych w 2004 roku została drużyna Jagiellonii Białystok, drugie miejsce zajął Gwarek Zabrze, trzecie Górnik Łęczna, a czwarte Lechia Zielona Góra. Miejsca 5-8 zajęła Polonia Elbląg, ŁKS Łódź, Pogoń Szczecin i Korona Kielce.
15 października 2004 roku w Elblągu przywrócono tradycyjną nazwę Olimpia Elbląg. Analizując kolejne lata XXI wieku w rozgrywkach juniorów starszych, miejsca 5-8, to najwyższe dotychczas w historii mistrzostw Polski w województwie warmińsko-mazurskim.
W 2008 roku Olimpia uległa w eliminacjach zespołowi Amica Wronki, natomiast w 2012 roku Olimpia 2004 przegrała eliminacje z Zagłębiem Lubin. Od 2013 roku mistrz Polski juniorów starszych wyłaniany był spośród zwycięzcy czterech grup makroregionalnych. Od 2019 roku Mistrzem Polski zostaje zwycięzca Centralnej Ligi liczącej 16 drużyn. Kilku zawodników z tego zespołu reprezentowało barwy seniorskiej drużyny Olimpii Elbląg i Concordii Elbląg.
Rafał Anuszak grał w kadrze 1986 trenera Andrzeja Nakielskiego – piąte miejsce w Pucharze Kazimierza Deyny w 2002 roku.
Wojciech Kitowski był w zespole reprezentacji województwa warmińsko-mazurskiego, która w 2003 roku zdobyła Puchar Kazimierza Deyny.
Karierę trenera Adama Borosa opisałem w odcinkach z 2 lutego 2024 roku.
